La plateforme BioEmergences répond aux besoins les plus avancés de la biologie intégrative. Celle-ci vise à reconstruire les dynamiques multi-échelles des évènements (de morphogénèse par exemple) en se basant sur des mesures obtenues à partir d’observations in vivo recueillies aux résolutions spatiale et temporelle adéquates (en fonction du phénomène observé, la vitesse d’acquisition des données n’a pas besoin d’être la même).
BioEmergences responds to the most advanced needs of integrative biology that aims at reconstructing multi scale dynamics from adequate measurements obtained from in vivo observation at the relevant spatial and temporal resolution.
La plateforme BioEmergences est l’unique plateforme, au niveau national et international, à proposer à la biologie intégrative des stratégies et des outils originaux permettant de reconstruire des jeux de données 4D (3D + temps) obtenus dans des conditions d’imagerie 4D in vivo et in toto.
La plateforme propose de partager des outils suivant mis en place au cours de deux projets européens, Embryomics et BioEmergences (programme NEST FP6) :
- des protocoles pour imager en 4D à l’aide de différent types de microscopes : microscope biphoton à laser scanné (MLSM) ou microscope à feuille de lumière, DSLM (digitial Scanned lights sheet microcopy), qui est un variant du SPIM (selective plane illumination microscopy).
-la production de jeux d’images produit par 2 microscopes biphoton (MLSM) et un DSLM
-la production et le transfert (procédure iRODS) et le stockage des jeux de données 4D vers notre base de données (à l’institut des systèmes complexes de Paris) via un interface web professionnelle (Denali SA)
- une chaîne algorithmique (algorithmes originaux développés pendant les projets européens) permettant de reconstruire les jeux de données d’imagerie 4D ; filtrage et/ou déconvolution des données, reconstruction des données 3D multi-view des données DSLM (en développement), segmentation et tracking des objets.
- la computation des algorithmes sur des clusters informatiques (puissance et temps de calcul disponible).
- des outils d’évaluation de la pertinence et la précision de la reconstruction obtenue
- une interface de visualisation spécifique à BioEmergences permettant de superposer les données brutes aux données reconstruites, d’annoter les données, d’extraire des mesures, …
-des analyses statistiques des données reconstruites, mise en évidence de corrélations spatio-temporelles.
The BioEmergences platform is at the national and international level, a unique platform offering to integrative biology original strategies and tools to achieve the 4D reconstruction of 4D image data sets obtained from suitable in vivo and in toto 4D imaging.
The BioEmergences platform offers to share the achievements of two European projects, Embryomics and BioEmergences from the NEST FP6 programme and consisting in:
– Optimized protocols for 4D imaging with dedicated MLSM (multiphoton laser scanning microscopy) or DSLM (Digital scanned light sheet microscopy which a variant of the SPIM selective plane illumination microscopy concept);
– Imaging with MLSM and DSLM dedicated set up;
– Production of standard format 4D data sets and transfer to the BioEmergences database in ccIN2P3 (calculation centre of the CNRS in Lyon) with the SRB and soon iRODS procedure through the BioEmergences web interface (professional design by DENALI SA)
– Identification of the most suitable algorithmic pipeline to achieve the reconstruction of 4D image data sets: filtering and/or deconvolution, 3D multi view reconstruction for DSLM data, objects segmentation, object tracking
– Computation of algorithmic pipelines either on the EGEE computation grid or ccIN2P3 computer clusters
– Evaluation of the reconstruction precision and accuracy
– Interactive visualisation of reconstructed and raw data with the BioEmergences visualisation interface, data annotation
– Custom data analysis including statistical analysis of spatio temporal correlations.
La consultation pour établir un plan de travail et la réalisation de devis sont gratuites, n’hésitez pas à nous consulter :
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